Allora non so cos'altro suggerire, mi spiace..

Purtroppo non posso far prove visto che non uso nè gnome, nè ubuntu da un bel po' di tempo...
Intanto ti conviene per sicurezza esportare i bookmarks, in modo da non rischiare di perderli.

Una soluzione può essere creare un alias del comando firefox, da terminale devi digitare "alias firefox=~/firefox/firefox", poi il collegamento originale nel menu dovrebbe puntare all'ultimo che hai installato.

Se funziona inserisci una riga nel file ~/.bashrc con quel comando.
Altrimenti da terminale dai "unalias firefox" per eliminare l'alias.

Basta sostituire "firefox" con il percorso che usi per avviare firefox3, quindi credo che sia "/home/nomeutente/firefox/firefox"

Puoi modificare il link in panel, oppure aggiungerne uno nuovo che punta a firefox 3, se non sbaglio in gnome si usa l'applicazione Alacarte, o qualcosa di simile.